W trakcie najazdu Arabów w latach 30. VII w. część Samarytan uciekła z Palestyny. Dwie największe fale emigracji miały miejsce w 634 r. (po bitwie pod Rabbath Moab) i w roku 636 (po bitwie nad rzeką Jarmuk). Uchodźcy zasilili, a być może ustanowili na nowo kolonie w Egipcie i w Syrii. Na początku IX w. na fali fanatyzmu islamskiego niszczono świątynie żydowskie i samarytańskie, lecz później sytuacja religijna znacznie się poprawiła.
Trudny okres to XIV w., gdy Palestynę podbili Mamelucy, którzy przerobili świątynie Samarytan na meczety i zmusili wielu z nich do zmiany religii albo emigracji. W tym okresie jednak ponownie rozkwita ich literatura religijna, zwłaszcza liturgiczna. Nowy najazd osmańskich Turków w roku 1516 to kolejne prześladowania. W roku 1624 zmarł ostatni kapłan z rodu syna Aarona – Eleazara/Pinchasa – kapłanami zostali potomkowie jego brata – Itamara.