Gdy w czasie wojny egipsko-tureckiej w 1832 roku wojska egipskie pod dowództwem Ibrahima Paszy zajęły tereny Palestyny, Samarytanie uzyskali niemal równy z muzułmanami status. Otrzymali również kilka nadań. Kiedy jednak władza nad tymi terenami wróciła w 1840/1 do Turcji, wprowadzono – tłumacząc to reformami Tanzimatu (a w rzeczywistości jako „karę” za zbyt dobre stosunki z Egipcjanami) – prawo głoszące, że Samarytanie są poganami. Wprowadził je ulem Nablusu, nie zważając na to, że Samarytanie od początku islamu byli uważani za „lud Księgi”. Wyznawcom dano do wyboru – nawrócenie na islam albo śmierć. Od unicestwienia uratował grupę Naczelny Rabin Jerozolimy, który reprezentował przed sułtanem całą palestyńską gminą żydowską. Na prośbę Samarytanina Jakoba esz-Szelaby’ego doręczył on ulemowi dokument, w którym potwierdzał, że Samarytanie są również „Ludem Izraela” i uznają Torę. Od tej pory wielu Samarytan jest wdzięcznych Żydom za tamten ratunek. Wydarzenie to w tradycji samarytańskiej nosi nazwę „kryzysu roku 1841”. W latach 20. XX w. liczba Samarytan spadła do 150.