Druga koncepcja upatruje źródeł zwyczaju w obrzędach pogańskich. Skłaniał się ku niej np. Oskar Kolberg, a także J.A. Wiślicki, który wskazywał na podobieństwa lajkonika do obrzędu koniarza, który we wsiach w okolicach Krakowa urządzano w niedzielę palmową (kwietną). Inny etnograf, ks. Władysław Siarkowski, uznawał zwierzyniecki pochód za pozostałość po dawnej uroczystości ku czci Światowida. Podobnego zdania był Józef Szujski. Z kolei Ludwik Krzywicki uznawał pochód za prehistoryczny i pozostałość pradawnego kultu zwierząt, ale wskazywał również na paralelizm legendy o tatarskim napadzie z francuskim podaniem o napadzie i wypędzeniu Maurów.
Według trzeciej koncepcji, głoszonej m.in. przez Walerego Eliasza Radzikowskiego lajkonik jest pozostałością po średniowiecznych misteriach i zabawach cechowych; w wiekach średnich – jak argumentował Radzikowski – uroczyste obrzędy kościelne łączono często z ludowymi zabawami i teatralnymi popisami, „półkomicznymi misteriami” w których elementy religijne mieszały się ze świeckimi, rubasznymi i zaczerpniętymi z codziennego życiaWalery Eliasz Radzikowski, Konik zwierzyniecki, Kraków 1898, s. 13–15.. Podobnego zdania był Leonard Lepszy, który podkreślał związek konika z religijnymi obrzędami norbertanek na Zwierzyńcu.