W 1179 Aleksander III zwołał Sobór laterański III, na którym ustalono m.in. dekret Licet de evitanda discordia – o wyborze papieża decyduje zgoda minimum dwóch trzecich członków Kolegium Kardynalskiego. W elekcji mieli odtąd brać udział wszyscy kardynałowie, bez rozróżnienia na kardynałów biskupów, prezbiterów i diakonów. Dokument nie wspomina o ingerencji duchowieństwa i ludu rzymskiego, tak iż odpowiedzialność za wybór została całkowicie i wyłącznie przypisana kardynałom. Papież ten wydał również dekret nakazujący uwierzytelnianie czynności prawnych dotyczących Kościoła za pomocą dokumentów. Ponadto potępiono szerzące się wówczas w Europie herezje (waldensi, albigensi, katarzy), jak również szereg nadużyć duchowieństwa (nikolaizm, symonię).
Pod koniec życia Aleksander III po raz kolejny musiał opuścić Rzym, wygnany przez komunę miejską. We wrześniu 1179 zbuntowani baronowie obrali Lando Sittino, byłego kardynała w kurii Wiktora IV, na antypapieża Innocentego III. Antypapieża ujęto i pozbawiono urzędu już w styczniu 1180, a papieżowi przyszedł na pomoc sam cesarz Fryderyk I, który opanował