W 1994 podczas przejścia do katedry tarnowskiej, gdzie miał odprawić mszę świętą, został uderzony kamieniem w skroń przez leczącego się psychiatrycznie mężczyznę. Dowiedziawszy się, że matka napastnika jest napiętnowana przez sąsiadów za czyn syna, pojechał do miejscowej parafii, gdzie podczas mszy świętej okazał jej wsparcie i zaapelował do mieszkańców o pojednanie z nią.

Zmarł 10 lutego 2011 w Rzymie z powodu zawału serca. 19 lutego 2011 został pochowany w krypcie archikatedry lubelskiej.

Odznaczenia i wyróżnienia W 2011 prezydent RP Bronisław Komorowski „za wybitne zasługi w działalności duszpasterskiej oraz osiągnięcia w pracy naukowej i dydaktycznej, za chrześcijańskie świadectwo humanizmu i tolerancji” nadał mu pośmiertnie Krzyż Wielki Orderu Odrodzenia Polski.

W 2005 otrzymał Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”. W 1997 zostało mu nadane honorowe obywatelstwo Tarnowa.

Otrzymał tytuł doktora honoris causa: Akademii Rolniczej w Lublinie (2004), Uniwersytetu Jagiellońskiego (2005) oraz Akademii Medycznej w Lublinie (2007).

W 2004 został laureatem Nagrody im. Księdza Idziego Radziszewskiego.