Po południu esesmani wkroczyli na teren więzienia. Spisali dokładnie stan wszystkich cel, a następnie z dwóch oddziałów śledczych na parterze wyprowadzili około 60 mężczyzn, którym rozkazali wykopać trzy rowy o długości ok. 25–30 metrów, a szerokości i głębokości około 2 metrów. Pierwszy z rowów wykopano wzdłuż ścian pawilonu X – po stronie pralni, drugi na placu spacerowym od strony alei Niepodległości, a trzeci – na placu spacerowym od strony ulicy Kazimierzowskiej. Niemieccy żołnierze raczyli się w tym czasie wódką. Po zakończeniu pracy wszyscy kopacze zostali rozstrzelani.
Niemcy przystąpili następnie do likwidacji pozostałych więźniów. Pensjonariuszy wyciągano z cel, prowadzono nad wykopane doły i mordowano strzałem w tył głowy. Jako pierwszych rozstrzelano więźniów z oddziałów nr 1 i 2 (tzw. oddziały śledcze), wśród których znalazło się kilku chłopców w wieku od 12 do 14 lat. Następnie wymordowano pacjentów Izby Chorych. Później esesmani zaczęli kolejno opróżniać oddziały nr: 8 (recydywiści), 10 (więźniowie z wysokimi wyrokami), 11, 3 i 5. Masowe groby szybko się zapełniły więc esesmani byli zmuszeni rozstrzelać część więźniów poza terenem więzienia (po drugiej stronie ulicy Rakowieckiej).