W trakcie kilkugodzinnej masakry zamordowano ponad 600 osadzonych więzienia mokotowskiego.
Bunt więźniów Rzeź, która odbywała się na więziennym dziedzińcu, była doskonale widoczna z okien cel, a obserwujący ją Polacy zrozumieli, że są skazani na śmierć i nie mają nic do stracenia. Więźniowie ze znajdujących się na drugim piętrze oddziałów nr 6 i 7 zdecydowali się więc na desperacki krok i zaatakowali oprawców. Na oddziale nr 6 więźniowie wybili drzwi cel lub dziury w ścianach za pomocą ław, a następnie wydostawszy się na korytarz podpalili sienniki i słomę – przepłaszając w ten sposób Niemców. Na oddziale nr 7 więźniom udało się zabić kilku esesmanów i odebrać im broń. Zabarykadowano następnie całe drugie piętro i uwolniono więźniów znajdujących się w celach oddziału nr 9 (małoletni). Zaskoczeni Niemcy wycofali się.
Nocą, pod osłoną ciemności i ulewnego deszczu, ocaleli więźniowie zaczęli przechodzić na strych, a następnie na stromy dach gmachu. Stamtąd zeszli na mur okalający więzienie, gdzie z pomocą przyszła im ludność cywilna, przynosząc drabiny. W ten sposób od 200 do 300 więźniów zdołało się wymknąć i przedostać na teren zajęty przez powstańców. Niemcy nie próbowali im przeszkodzić, gdyż błędnie liczyli, że więźniowie będą uciekać główną bramą.