Laurel rozpoznał go, ale ten zasłonił się niepamięcią.
25 października 1943 został on wybrany na prezydenta Drugiej Republiki Filipińskiej w wyniku zwołania przez Japończyków Zgromadzenia Narodowego. Kilka dni później wraz z Jose B. Vargasem i Benigno Aquino seniorem poleciał do Tokio, gdzie złożył wizytę cesarzowi Japonii i premierowi Hideki Tōjō.
Kiedy wojska amerykańskie wylądowały na Filipinach jego gabinet został przeniesiony do Japonii, gdzie Jose P. Laurel pozostawał krótko po zakończeniu wojny. W 1946 powrócił na Filipiny, po czym na rozkaz gen. Douglasa MacArthura został aresztowany i oskarżony o kolaborację z Japończykami. Postawiono mu zarzut zdrady państwa, ale został on anulowany w wyniku proklamacji amnestii ogłoszonej w 1948 przez prezydenta Manuela Roxasa.
W 1949 Jose P. Laurel startował w wyborach prezydenckich, ale przegrał. W 1951 dostał się do Senatu z ramienia Partii Nacjonalistycznej. Po 1953 prezydent Ramon Magsaysay postawił go na czele misji, która negocjowała z władzami USA układ o handlu, nazwany następnie Laurel-Langley Agreement. W 1957 nie wystartował jednak w nowych wyborach senackich, wycofując się z życia publicznego. Zajmował się jedynie rozwojem Lyceum of the Philippines, ufundowanym przez jego rodzinę w 1952.