W 1856 Juárez ogłosił doktrynę o wzajemnym poszanowaniu praw narodów i swobodzie samodzielnego i suwerennego wyboru ustroju społecznego.
W 1855 liberałom udało doprowadzić do dymisji Santa Anny. W 1857 ogłosili nową federalistyczną konstytucję i utworzyli rząd, w którym Juárez został przewodniczącym Sądu Najwyższego (prezydentem był wówczas Ignacio Comonfort). Jednak w grudniu 1857 konserwatyści pod dowództwem generała Felixa Zuloagi wszczęli bunt z poparciem wojska i kleru. Juárez został przez nich aresztowany, ale z niewoli uciekł, przewodząc zwolennikom reform najpierw w stanie Queretaro, a następnie w Veracruz. W 1859 podjął radykalną decyzję o konfiskacie majątków kościelnych. Liberałowie ponownie opanowali stolicę kraju w styczniu 1861, a w marcu Juárez został wybrany prezydentem na czteroletnią kadencję.