W tym okresie sytuacja kraju była jednak tragiczna. Bankructwo rządu i zniszczona wojną gospodarka zmusiły Juáreza do wstrzymania spłaty długów zagranicznych. Hiszpania, Francja i Anglia zareagowały na to zajęciem Veracruz w grudniu 1861. Hiszpania i Anglia wycofały się wkrótce z interwencji, jednak Napoleon III marzący o wielkim imperium postanowił opanować cały Meksyk. Długi miały stanowić pretekst do interwencji i ustanowienia marionetkowej monarchii z poparciem Francji. Meksykanie wygrali z Francuzami pierwszą bitwę pod Pueblą 5 maja 1862, jednak nie byli w stanie zatrzymać potężnej ekspedycji francuskiej. W 1863 zmusiło to Juáreza i jego rząd do odwrotu na pustynne tereny północnego Meksyku.
W 1864 zostało powołane do życia cesarstwo Meksyku z pochodzącym z rodu Habsburgów cesarzem Maksymilianem. Liberalny Maksymilian zaoferował Juárezowi amnestię i stanowisko premiera, ten jednak odmówił współpracy z najeźdźcami. Wkrótce w związku z rosnącym zagrożeniem ze strony Prus i możliwością interwencji USA francuskie siły okupacyjne zaczęły się wycofywać. W 1867 r. ostatnie siły cesarza Maksymiliana zostały pokonane, a on sam mimo protestów z zagranicy został skazany przez sąd wojskowy na śmierć.