Juárez odmówił prawa łaski, a wyrok został wykonany przez rozstrzelanie.
Juárez został jeszcze dwukrotnie wybrany na urząd prezydenta w 1867 i w 1871, jednocześnie umacniał swoją popularność, ale z biegiem czasu jego rządy stawały się coraz bardziej autorytarne (co wyrażało się m.in. w oszustwach wyborczych czy prześladowaniu opozycji – w tym Porfirio Díaza – późniejszego dyktatora Meksyku).
Umarł w 1872 na atak serca podczas pracy w swoim gabinecie przy biurku w pałacu prezydenckim w mieście Meksyk. Jego następcą został dotychczasowy minister spraw zagranicznych Sebastián Lerdo de Tejada. W niestabilnej po śmierci Juáreza sytuacji do władzy doszły ponownie siły konserwatywne i autokratyczne.
Upamiętnienie Benito Mussolini otrzymał imię Benito na cześć Benito Juáreza. Nadał mu je jego ojciec Alessandro, socjalista będący pod wrażeniem dokonań JuárezaDavid I. Kertzer, Papież i Mussolini. Nieznana historia Piusa XI i rozkwit faszyzmu w Europie. Wydawnictwo Czarne 2016, s. 37..