We wrześniu 1803 Karpowicz przedłożył do zatwierdzenia statuty kapituły, opracowane w oparciu o statuty diecezji warmińskiej. W tym samym czasie ustanowił też dwa konsystorze generalne i oficjalaty: podlaski w Waniewie – dekanaty: Białystok, Bielsk, Brańsk, Drohiczyn, Knyszyn, Sokółka i Tykocin pod zarządem wikariusza in spiritualibus i oficjała generalnego ks. Jana Klemensa Gołaszewskiego litewski w Wyłkowyszkach – dekanaty: Augustów, Olwita, Preny, Sapieżyszki, Simno, Wierzbołówka i Wigry pod zarządem wikariusza i oficjała generalnego ks. Baltazara Paszkiewicza
Do współpracowników biskupa należeli też m.in. sekretarz Polikarp Augustyn Marciejewski i ks. Wacław Kunicki.
Biskup Michał Karpowicz zmarł 5 listopada 1803 w Berżnikach, zaś jego ciało zabalsamowano i złożono w Wigrach w kryptach pod dawnym kapitularzem kamedułów. Po śmierci Karpowicza obowiązki administratora diecezji przejął Jan Klemens Gołaszewski oraz Baltazar Paszkiewicz.
Diecezja w czasach bp. Gołaszewskiego