O uzdrowicielskiej mocy natury i sztuki) 2003 – tytuł doktora honoris causa UM w Łodzi 2008 – Nagroda Totus („za świadectwo głębokiego humanizmu, inspirowane nauczaniem Jana Pawła II, przekazywane w życiu i twórczości”) 2008 – nagroda Clemensa von Pirquet przyznana przez Europejską Akademię Alergologii i Immunologii Klinicznej 2008 – tytuł „Ambasador Polszczyzny w Piśmie” przyznany przez Radę Języka PolskiegoAmbasador Polszczyzny rjp.pan.pl [dostęp 2025-01-13]. 2008 – nominacja do Nagrody Literackiej Nike za Kore – O chorych, chorobach i poszukiwaniu duszy medycyny 2009 – tytuł doktora honoris causa UJ Kraków 2012 – Nagroda Imienia Św. Kamila, przyznana pośmiertnie („w dowód uznania za całokształt pracy naukowej, nieskazitelną postawę lekarza humanisty oraz skuteczne odkrywanie duszy w medycynie”)

Upamiętnienie Podręcznik chorób wewnętrznych wydawany od 2005 roku pod redakcją prof. Andrzeja Szczeklika, po jego śmierci, decyzją wydawcy został przemianowany na „Internę Szczeklika”, dla upamiętnienia jego wkładu w to dzieło i współpracę z wydawcą (Medycyna Praktyczna).