Rozwój gospodarczy Rudaka przerwał potop szwedzki w latach 1655–1660. Po wojnie rozpoczęła się powolna odbudowa wsi. Według zachowanych dokumentów, podczas wojny siedmioletniej (1756–1763) Rudak obejmował obszar od mostu drewnianego, następnie od Stawek do Zamku i do Piaskowej Góry pod Czerniewicami.
Lata 1793–1920 W 1793 roku Rudak, zamieszkały przez 18 gospodarzy, włączono do Prus Zachodnich. W następnych latach przez wieś maszerowały wojska polskie, pruskie, francuskie, austriackie i rosyjskie. W 1807 roku Rudak włączono do Księstwa Warszawskiego. W 1813 roku wieś była oblegana przez Prusaków i Rosjan. 3 maja 1815 roku, na mocy traktatu wersalskiego, Rudak znalazł się pod panowaniem Prus. Działania wojenne doprowadziły do spadku poziomu życia mieszkańców wsi. Wielu mieszkańców utrzymywało się głównie z przemytu towarów do Imperium Rosyjskiego. Częściowa poprawa sytuacji gospodarczej nastąpiła po wybudowaniu w 1862 roku pierwszej cegielni. W 1865 roku rozpoczęto budowę linii kolejowej Toruń-Aleksandrów, przechodzącą przez Rudak. Rozwój gospodarczy wsi zapewniała również budowa Fortu XVI (tzw. Fortu Kolejowego) i dworca kolejowego. W latach 1880–1885 wybudowano Fort XV, służący do obrony dworca kolejowego i mostu kolejowego.