Jednocześnie zaprzestano konwojowania statków handlowych obcych bander na Zalewie Szczecińskim na trasie Szczecin-Świnoujście.
13 października 1960 sztab brygady został przeniesiony do wyremontowanego bloku koszarowego przy Żołnierskiej 5.
W 1961 dowództwo posiadało kryptonim Ulewa.
Rozkazem organizacyjnym dowódcy WOP nr 0148 z 2.09.1963 przeformowano strażnice lądowe kategorii II Gryfino, kategorii III Widuchowa, Krajnik Górny, Pisek, Łysogórki, Czelin i Namyślin oraz kategorii IV Cedynia i Kostrzynek na strażnice WOP rzeczne kategorii I.
W 1962 wprowadzono nowy plan mobilizacyjny PM–62. Zakładał on na wypadek wojny znaczne rozwiniecie jednostki. Zgodnie z etatem czasu „P”, na dzień 1 lipca 1965 Brygada liczyła 3284 żołnierzy, a etat czasu „W” przewidywał 4069 żołnierzy. W ramach zadań mobilizacyjnych jednostka mobilizowała dywizjon OP Świnoujście (bez grupy kutrów) i rozformowywała Szkołę Podoficerów Sanitarnych.
Rok 1965 zapoczątkował nowy etap w systemie dowodzenia, rozwoju struktur organizacyjnych i działalności WOP. Od 1 lipca 1965 formację tę podporządkowano MON.