Na podstawie decyzji MSW z 23 maja 1989 akceptującej kierunki zmian w organizacji jednostek WOP, ujęte w planie restrukturyzacji formacji oraz zarządzenia organizacyjnego nr 0357/Org. dyrektora biura org.-prawnego MSW z 29 września 1989, dowódca Pomorskiej Brygady WOP otrzymał polecenie, wprowadzenia w terminie do 31 października 1989 zmian organizacyjnych. Rozformowano batalion graniczny Pomorskiej Brygady WOP w Szczecinie istniejący wg etatu nr 44/0103 o stanie osobowym oraz na czas „P” – 223 żołnierzy (na czas „W” – 282 żołnierzy)Zarządzenie dowódcy WOP nr 050/Org. z 29.09.1989 w sprawie zmian etatowych w jednostkach WOP..
17 grudnia 1989 brygada otrzymała Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski.
Na podstawie decyzji MSW z 24 maja 1989, zaakceptowano zmiany w organizacji jednostek WOP ujęte w planie restrukturyzacji. Jednocześnie dowódca WOP otrzymał polecenie rozformowania batalionów portowych WOP, na wybrzeżu do 30 czerwca 1990. W 1990 rozformowano batalion portowy WOP Szczecin DąbieZarządzenie DWOP nr 028 z 25 kwietnia 1990 ().. Z chwilą rozformowania batalionów portowych WOP, odpowiedzialnymi za zabezpieczenie granicy państwowej w morskich przejściach granicznych zamierzano uczynić GPK portów morskich, a zadania te miały być wykonywane głównie systemem operacyjnymArchiwum SG w Szczecinie, Akta DWOP, sygn.