Rok 1965 zapoczątkował nowy etap w systemie dowodzenia, rozwoju struktur organizacyjnych i działalności WOP. Od 1 lipca 1965 formację tę podporządkowano MON. Podległość pod względem gospodarczym, nastąpiła od 1 stycznia 1966 Zarządzenie prezesa Rady Ministrów nr 41 z 24 czerwca 1965, które stanowiło podstawę przejścia WOP do nowego resortu, motywowało tę decyzję koniecznością ujednolicenia struktury organizacyjnej oraz systemu dowodzenia Sił Zbrojnych. Razem z WOP podporządkowano MON – Korpus Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Natomiast w resorcie MSW nadal pozostawiono przejścia graniczne. W 1967 dywizjon okrętów został podporządkowany dowódcy Morskiej Brygady Okrętów Pogranicza.
Realizując rozkaz MON nr 0114/Org. z 23 listopada 1965 w sprawie reorganizacji jednostek morskich WOP i wydane w oparciu o ww. rozkaz zarządzenia szefa Szt. Gen. nr O135/Org. z 22 grudnia 1965 i Głównego Inspektora OT nr 028/Org. z 25 lutego 1966 sformowano 1 kwietnia 1966 6. Brygadę Okrętów Pogranicza w Gdańsku-Nowym Porcie. Sztab tej jednostki powstał na bazie byłego Szefostwa Służby Morskiej WOP. Jednocześnie ze składu nadmorskich brygad WOP, tj. 12., 15. i 16. wydzielono dywizjony okrętów pogranicza, które wraz ze Szkołą Specjalistów Morskich WOP (będącą dotychczas samodzielną jednostką) podporządkowano tejże jednostce. W skład 6.