BOP weszły trzy dywizjony Okrętów Pogranicza, które stacjonowały: 30 dOP w Świnoujściu, 32 dOP w Kołobrzegu i 31 dOP w Gdańsku Westerplatte.
Na podstawie zarządzenia DWOP nr 044 z 14 marca 1966 Dywizjon Okrętów Pogranicza przekazany został do Morskiej Brygady Okrętów Pogranicza w Gdańsku.
Na przełomie kwietnia i maja 1971 brygada została przeniesiona z koszar przy ul. Wojska Polskiego do koszar przy ul. Armii Czerwonej (obecnie Marsz. J. Piłsudskiego).
Od 1 października 1971, decyzją Prezydium Rządu z 30 lipca 1971, WOP podporządkowano Ministerstwu Spraw Wewnętrznych, w związku z czym dotychczasowe Szefostwo WOP przeformowano na Dowództwo WOP, a w skład formacji weszła ponownie służba KRG. Zmiany te objęły również nadmorskie brygady WOP. Jednocześnie wyłączono z tej formacji Morską Brygadę Okrętów Pogranicza, którą podporządkowano dowództwu Marynarki Wojennej i odtąd w ochronie granicy morskiej uczestniczyła ona tylko na zasadach współdziałania z brygadami nadmorskimi WOP. Dlatego też jej jednostki pływające wykorzystywano tylko do działań interwencyjno–pościgowych i służby dozoru na Zatoce Gdańskiej i pełnym morzu.