W 1962 wprowadzono nowy plan mobilizacyjny PM–62. Zgodnie z etatem czasu „P”, na dzień 1 lipca 1965 Brygada liczyła 2311 żołnierzy, a etat czasu „W” przewidywał 1922 żołnierzy. W ramach zadań mobilizacyjnych jednostka mobilizowała 29 dywizjon OP Gdańsk i samodzielny batalion portowy Gdynia. Rozkazem organizacyjnym dowódcy WOP nr 0148 z 2.09.1963 przeformowano strażnice lądowe kategorii III: Ustka i Jarosławiec na strażnice WOP nadmorskie kategorii II.

31 lipca 1964 przejęto od Bałtyckiej Brygady WOP obiekt po rozformowanej strażnicy WOP Stilo.

15 sierpnia 1964 Graniczna Placówka Kontrolna Łeba oraz strażnice WOP: Karwia, Biała Góra i Łeba z ochranianymi odcinkami została przejęta od Bałtyckiej Brygady WOP.

Rok 1965 zapoczątkował nowy etap w systemie dowodzenia, rozwoju struktur organizacyjnych i działalności WOP. Od 1 lipca 1965 formację tę podporządkowano MON. Podległość pod względem gospodarczym, nastąpiła od 1 stycznia 1966 Zarządzenie prezesa Rady Ministrów nr 41 z 24 czerwca 1965, które stanowiło podstawę przejścia WOP do nowego resortu, motywowało tę decyzję koniecznością ujednolicenia struktury organizacyjnej oraz systemu dowodzenia Sił Zbrojnych. Razem z WOP podporządkowano MON – Korpus Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Natomiast w resorcie MSW nadal pozostawiono przejścia graniczne.