W 1967 dywizjon okrętów został podporządkowany dowódcy Morskiej Brygady Okrętów Pogranicza.
Realizując rozkaz MON nr 0114/Org. z 23 listopada 1965 w sprawie reorganizacji jednostek morskich WOP i wydane w oparciu o ww. rozkaz zarządzenia szefa Szt. Gen. nr O135/Org. z 22 grudnia 1965 i Głównego Inspektora OT nr 028/Org. z 25 lutego 1966 sformowano 1 kwietnia 1966 6. Brygadę Okrętów Pogranicza w Gdańsku-Nowym Porcie. Sztab tej jednostki powstał na bazie byłego Szefostwa Służby Morskiej WOP. Jednocześnie ze składu nadmorskich brygad WOP, tj. 12., 15. i 16. wydzielono dywizjony okrętów pogranicza, które wraz ze Szkołą Specjalistów Morskich WOP (będącą dotychczas samodzielną jednostką) podporządkowano tejże jednostce. W skład 6. BOP weszły trzy dywizjony Okrętów Pogranicza, które stacjonowały: 30 dOP w Świnoujściu, 32 dOP w Kołobrzegu i 31 dOP w Gdańsku Westerplatte.
W roku 1968, na polecenie szefa WOP, zmieniono system ochrony granicy na Zatoce Gdańskiej. Odtąd miała być ona ochraniana zgodnie z faktycznym przebiegiem granicy, także i granicy wód wewnętrznych, czyli na linii łączącej cypel Hel ze stykiem granicy z ZSRR na Mierzei Wiślanej.