W czasie gry w Newcastle Anglik był łączony z odejściem do West Bromwich Albion, Celtiku Glasgow, Watford, Rangers oraz Liverpoolu, jeden żaden z tych transferów nie doszedł do skutku.

Swoją chęć gry w pierwszym składzie ponownie wyraził w czerwcu 2006, jednak trener Glenn Roeder namawiał go do pozostania w zespole. Spowodowało to, że Anglik przedłużył swój kontrakt z klubem z St James’ Park do czerwca 2009. Kontuzja, którą nabawił się Given na początku sezonu 2006/2007 dała szansę pokazania się Harperowi w pierwszym zespole. Jego pierwszym ligowym spotkaniu od 15 miesięcy był przegrany 2:0 mecz z Liverpoolem we wrześniu 2006 roku. Przy drugiej bramce, którą zdobył Xabi Alonso lobem z 60 metrów, Harper poślizgnął się i nie udało mu się obronić strzału. Mimo to Anglik zaliczył jeszcze kilka innych występów w tym sezonie. Harper z powodu trzeciej kontuzji Givena wystąpił także w spotkaniu z Chelsea F.C., w którym zachował czyste konto. Był to pierwszy sezon od 2001, w którym Harper występował w kolejnych ligowych spotkaniach.

thumb|150px|Harper w kwietniu 2008, w jednym z jego występów w pierwszym składzie