26 lipca 2007 Harper zagrał jako napastnik w towarzyskim spotkaniu z Celtikiem Glasgow, w którym wszedł z ławki rezerwowych. Harper kontynuował grę jako bramkarz w sezonie 2007/2008 pod wodzą nowego szkoleniowca, Sama Allardyce’a. Given borykał się z kontuzją a Tim Krul przebywał na wypożyczeniu w Falkirk, więc Harper bronił przez pierwsze sześć ligowych pojedynków, w dwóch z nich zachował czyste konto. Gdy jednak Given był w pełni sił Anglik stracił miejsce w składzie. Kolejna kontuzja Irlandczyka spowodowała jednak, że Harper coraz częściej grał w wyjściowej jedenastce pod wodzą nowego trenera, Kevina Keegana. Po serii dobrych meczów, Harper wiązany był odejściem z Newcastle. Jego pozyskaniem zainteresowany był Liverpool, gdzie Anglik miał pełnić rolę zmiennika Reiny. Keegan chciał jednak zatrzymać Harpera w swojej drużynie i transfer nie doszedł do skutku.
W styczniu 2009 Harper przedłużył swój kontrakt z klubem do 2012, który będzie jego dziewiętnastym sezonem w Newcastle. W tym samym miesiącu Shay Given przeszedł do Manchesteru City i po prawie 16 latach spędzonych w klubie Harper stał się podstawowym bramkarzem swojego zespołu.
19 maja 2013 zagrał swój ostatni mecz w barwach Newcastle United.