Zawarł w niej projekt powołania rządu rewolucyjnego, który później ustanowiono w Malolos w roku 1899.
W nowym, niezależnym rządzie dyktatorskim Emilio Aguinaldo, powołanym 2 stycznia 1899 r., Mabini otrzymał stanowisko premiera oraz ministra spraw zagranicznych. Ostatecznie, rząd proklamował republikę w dniu 23 stycznia 1899 r. Mabini stanął na czele jej pierwszego rządu.
Kadencja Mabiniego przypadała na najbardziej krytyczny okres w dziejach młodego państwa. Musiał on sprostać licznym problemom, z których wcześniej nawet nie zdawał sobie sprawy. Do najważniejszych kwestii należały negocjacje ze Stanami Zjednoczonymi, rozpoczęte 6 marca 1899 r. Stany Zjednoczone i Republika Filipińska uwikłane były w ostry spór, który doprowadził do konfrontacji zbrojnej. W trakcie rokowań pokojowych, Amerykanie początkowo zgodzili się uznać niezależność rządu Aguinaldo, jednak rozmowy zakończyły się fiaskiem, ponieważ Stany Zjednoczone odmówiły Mabini'emu zawieszenia broni. Premier Filipin próbował wznowić negocjacje i zaproponował rozejm, lecz jego starania nie przyniosły skutku. Ostatecznie, widząc, że Amerykanie mają wobec Manili "nieszczere intencje", Mabini zerwał rozmowy, zgromadził lud i opowiadał się za kontynuacją wojny.