Z administracji ostatecznie odszedł 7 maja 1899 r.
Schyłek życia i śmierć Mabini należał do bractwa wolnomularskiego.
10 grudnia 1899 r. został on pojmany przez Amerykanów w Cuyapo w prowincji Nueva Ecija, lecz później wyszedł na wolność. W roku 1901 został zesłany na wyspę Guam razem z rzeszami rewolucjonistów, których Amerykanie określali mianem "insurrectos". W roku 1903, po złożeniu przysięgi wierności Stanom Zjednoczonym, Mabini otrzymał pozwolenie na powrót do ojczyzny.
13 maja 1903 r. Mabini zmarł na cholerę w Manili.
Dziedzictwo Na Filipinach istnieją dwa miejsca poświęcone pamięci Apolinarego Mabini:
dom, w którym zmarł znajduje się obecnie w kampusie Politechniki Filipińskiej w Pandacan, w Manili. Skromne mieszkanie zawiera oryginalne umeblowanie, część spuścizny literackiej Mabiniego i przedmioty pamiątkowe. Mieści również część zbiorów biblioteki miejskiej. Mabini został pochowany w mieście, gdzie się urodził – Tanauan w prowincji Batangas. Wzniesiono tam również replikę domu, w którym przyszedł na świat pierwszy premier Filipin.