12 września jego zagorzały przeciwnik poniósł druzgocącą porażkę pod Philiphaugh. W roku 1646 Campbell prowadził negocjację z królem w Newcastle – po kapitulacji Karola I przed armią szkocką. Starał się przekonać króla do akceptacji nowych postulatów, postawionych przez parlament. 7 lutego 1646 r. przyjęto go do Zgromadzenia Duchowieństwa.
Do tej pory Argyll wykazywał się umiejętnościami administracyjnymi. Swobody narodowe oraz odrębność religijna Szkocji zostały obronione i zagwarantowane. Królewskie wpływy w Szkocji ograniczono do minimum. Dodatkowo, wymienione przywileje zyskały zabezpieczenie dzięki sojuszowi Szkocji z angielską opozycją oraz dzięki triumfowi parlamentu i prezbiterianizmu w sąsiednim królestwie. Niemniej jednak potęga Argylla nie miała szans przetrwać rozłamu w sojuszu dwóch narodów, na którym opierała się cała jego polityka. Na próżno sprzeciwiał się on tajnemu porozumieniu pomiędzy królem a Szkotami, skierowanemu przeciw parlamentowi. Hamilton, prowadzący marsz na Anglię, został pokonany przez Olivera Cromwella pod Preston. Argyll, wymknąwszy się z zasadzki podczas bitwy o Stirling (1648), przyłączył się do stronnictwa wigów w Edynburgu i z pomocą Johna Campbella, 1. hrabiego Loudounu oraz Alexandra Lesliego, 1.