W kilku kolejnych gabinetach (w latach 1906–1913) piastował urząd ministra spraw wewnętrznych.

Hara zdawał sobie sprawę z faktu, że podstawową kwestią polityczną w Japonii są napięcia pomiędzy wybranym przez naród rządem a mianowaną biurokracją. Z tego powodu poświęcił swoją kadencję na osłabienie znaczenia wpływowych biurokratów, którzy piastowali swoje stanowiska od wielu lat. Jako minister spraw wewnętrznych, usuwał ze stanowisk lokalnych urzędników na każdym szczeblu administracji. Wszystkich pracowników publicznych, co do których kompetencji miał zastrzeżenia, Hara zastępował ludźmi posiadającymi odpowiednie kwalifikacje, bez względu na osobiste sympatie. W ten sposób stworzył system, w którym ludzie zdolni mogli wspiąć się na szczyt lokalnej administracji, niezależnie od pochodzenia czy przynależności politycznej. Hara dobrze rozumiał, że utrzymanie przez rząd zwierzchnictwa nad obranymi urzędnikami lokalnymi zależy od zdolności rządu do rozwoju państwowej infrastruktury oraz od opracowania długofalowego planu gospodarczego, który byłby korzystny zarówno dla regionalnych, jak i dla państwowych interesów.