W więzieniu W ciemnych lochu Luisa była molestowana i znieważana przez hiszpańskich żołnierzy. Znajdowała się pod ścisłym nadzorem. Przyznano jej bardzo skromne racje żywnościowe, wskutek czego cierpiała niedożywienie. Wiele dni i nocy spędzała praktycznie bez ruchu, by nie zwracać na siebie uwagi strażnika. Współczucie okazał jej natomiast kapelan więzienny, który zaczął przemycać dla niej jedzenie. Przyczynił się on także do instalacji oświetlenia (lampy naftowej) w jej celi. 26 stycznia 1816 r. Luisa urodziła córkę, która ze względu na słabą kondycję matki w czasie ciąży, wkrótce zmarła.
W roku 1815 Luisę Caceres uwięziono, by wywrzeć presję na jej męża, który walczył wtedy z hiszpańskimi siłami królewskimi. Jednak gubernatorowi wyspy, Joaquínowi Urreiztiecie nie udało się w ten sposób uzyskać celu, jakim było zmuszenie Arismendi'ego do kapitulacji. Luisę wciąż przetrzymywano w twierdzy św. Róży. Później przewieziono ją do twierdzy Pampatar, a następnie - do La Guairy. W 1816 r. ostatecznie wysłano panią Arismendi do Hiszpanii, gdzie poddawano ją torturom, by zmusić ją do wyrzeczenia się republikańskich poglądów. Dwaj generałowie brygady, Juan Bautista Pardo oraz Salvador Moxo zarządzili przewiezienie Luisy Caceres do zamku św. Karola Boromeusza w wenezuelskiej prowincji Pampatar.