W 1960 powrócił do Warszawy, gdzie otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. Od 1962 przez dziesięć lat był rektorem Akademii Medycznej w Warszawie, a następnie od 1973 do 1979 dyrektorem Instytutu Pediatrii tamże. Równocześnie w latach 1960–1969 zajmował stanowisko dyrektora warszawskiego Instytutu Matki i Dziecka. W latach 1970–1979 był prezesem Polskiego Towarzystwa Pediatrycznego i Towarzystwa Planowania Rodziny. W 1982 Bolesław Górnicki został wybrany na członka rzeczywistego Wydziału V Nauk Lekarskich Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, od 1986 pełnił funkcję wiceprezesa, a w latach 1992–1994 prezesaEncyklopedia Szczecina. Suplement do wydania jubileuszowego z 2015 roku. Szczecińskie Towarzystwo Kultury, 2019, s. 104. ISBN 978-83-942725-8-6..
Opublikował ponad 250 prac naukowychKto jest kim w Polsce. Informator biograficzny. Edycja 3. Wyd. Interpress Warszawa 1993, s. 193. ISBN 83-223-2644-0. z zakresu pediatrii, nefrologii, historii medycyny.
Bolesław Górnicki zmarł w Warszawie i zgodnie jego wolą został pochowany w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu katolickim w PłockuJakub Chojnacki. Profesor – rektor Górnicki nie żyje. „Notatki Płockie” 1998, 43, 3, 176, s. 50 (dostęp 2024-12-07)..