Podczas wojny domowej w Nigerii Muhammed pełnił funkcję szefa sztabu drugiej dywizji armii nigeryjskiej. Dywizji tej udało się wyprzeć armię Republiki Biafra z regionu środkowo-zachodniego oraz sforsować rzekę Niger i połączyć się z 1. dywizją, która maszerowała spod Nsukka do Enugu. W nadgranicznej miejscowości Asaba, w rejonie zamieszkanym przez ludność Igbo, Mohammed rozkazał swoim oddziałom dokonanie jednej z najokrutniejszych zbrodni w całej wojnie. Według oskarżeń świadków oraz zagranicznych dziennikarzy, powypędzał z domów wszystkich pełnosprawnych mieszkańców miasteczka płci męskiej, kazał im ustawić się w szeregu wzdłuż muru, a swoim żołnierzom wydał komendę rozstrzelania cywilów. Można przypuszczać, że zbrodnia miała na celu rozwścieczenie żołnierzy Republiki Biafra, którym celowo zezwolono na przebywanie w przygranicznych rejonach Nigerii, na terytoriach zamieszkanych przez ich rodaków. Sprawę dodatkowo skomplikowały relacje dotyczące gwałcenia i mordowania kobiet (nawet ciężarnych). W czasie trwania wojny Mohammed stanowczo odpierał zarzuty, jednak po zakończeniu działań zbrojnych przyznał, że jego żołnierze mogli dopuścić się zbrodni na ludności cywilnej.