29 lipca 1975 r., w czasie, gdy Gowon uczestniczył w szczycie OJA w Kampali w Ugandzie, Mohammed dokonał bezkrwawego zamachu stanu i stanął na czele Wojskowego Rządu Federalnego. Ọbasanjọ (późniejszy generał porucznik) oraz Danjuma (późniejszy generał major) objęli stanowiska odpowiednio: szefa sztabu w Kwaterze Głównej Armii oraz szefa sztabu armii. W niedługim czasie Mohammed zyskał światowy rozgłos dzięki skutecznej polityce. Jego efektywność zapewniła mu status bohatera ludowego, pomimo licznych oskarżeń o hipokryzję, którą wykazał się ignorując eskalację korupcji.
Jednym z pierwszych podjętych przez niego działań było sfałszowanie powszechnego spisu ludności z 1973 r., który wypadł na korzyść północnej części kraju. Mohammed dla celów politycznych polecił, by oficjalnie opublikować dane z roku 1963. Mohammed usunął z administracji najwyższych urzędników federalnych i stanowych. Chciał w ten sposób zerwać powiązania z reżimem Gowona i odbudować zaufanie publiczne dla rządu federalnego. Ponad 10 tys. urzędników i pracowników instytucji państwowych straciło pracę i nie otrzymało z tego tytułu żadnych odpraw ani odszkodowań. Zwalniano ich z powodu wieku, złego stanu zdrowia, braku kompetencji bądź zaniedbań w obowiązkach.