Czystki objęły służbę publiczną, sądownictwo, policję, siły zbrojne, służbę dyplomatyczną, korporacje państwowe oraz uczelnie. Niektórych urzędników postawiono przed sądem w sprawach o korupcję. Mohammed przeprowadził również demobilizację 100 tys. wyższych wojskowych.
Dwanaście spośród dwudziestu pięciu ministerstw w nowo powołanej Federalnej Radzie Wykonawczej powierzono cywilom. Jednak rząd miał znaczenie drugorzędne względem Najwyższej Rady Wojskowej. Mohammed odebrał część władzy samorządom stanowym na rzecz rządu federalnego. Obszar odpowiedzialności politycznej rządów stanowych został znacznie zawężony. Nowo mianowani wojskowi zarządcy stanów nie otrzymali posad w Najwyższej Radzie Wojskowej. Ich zadaniem była realizacja polityki rządu federalnego, którego decyzje były im przekazywane poprzez Najwyższą Radę Wojskową. Rząd federalny przejął kontrolę nad dwiema największymi gazetami w Nigerii. Państwo uzyskało monopol informacyjny, a poza tym objęło ścisłą kontrolą krajowe uczelnie.