Ważnym dla niego i dla współczesnych tekstem jest napisany w r. 2007 artykuł Idea Instytutu Aszkenazyjskiego w Krakowie, w którym postulował powołanie instytucji niezbędnej dla budowania tożsamości pozytywnej zarówno dla nieżydowskich i żydowskich mieszkańców miasta, jak i dla wszystkich Żydów aszkenazyjskich.
Zmarł na zawał serca. Został pochowany 5 stycznia 2009 r. na nowym cmentarzu żydowskim przy ulicy Miodowej w Krakowie.
Publikacje 1998: Legendy z Żydowskiego Miasta na Kazimierzu pod Krakowem 1999: Opowieści rabina Nachmana z Bracławia 2000: Potęga obyczaju 2003: Żydowskie życie 2005: Żydzi w Krakowie. 700 lat historii (wraz z Michałem Rożkiem) 2009: Żydowski Kraków. Legendy i ludzie (w języku angielskim: Jewish Cracow. Legends and People, tłum. Jessica Taylor-Kucia, Wydawnictwo Austeria, Kraków 2024)
Tłumaczenia Henryk Halkowski był pierwszym w Polsce systematycznym znawcą myśli Abrahama Joshui Heschela. Przetłumaczył z języka angielskiego dwie jego książki: 1994: Szabat i jego znaczenie dla współczesnego człowieka 1996: Pańska jest ziemia.