Do rosnącej niechęci społeczeństwa ateńskiego przyczyniała się też sama metoda nauczania Sokratesa. Często na ulicy wdawał się w dysputy z przypadkowo napotkanymi osobami (często na wysokich stanowiskach), którym, zadając odpowiednie pytania, wykazywał niewiedzę. Ośmieszający wizerunek Sokratesa przedstawił Arystofanes w komedii Chmury, wystawionej jeszcze za życia filozofa w 423 r. p.n.e., Sokrates został ukazany w niej jako oderwany od rzeczywistości dziwak, uwieszony w koszu pod sufitem w swojej Pomysłowni i badający tam tajemnice ziemi i nieba, a jednocześnie deprawujący swoich obdartych uczniów.
Niektórzy badacze przypuszczają jednak, że prawdziwą przyczyną wniesienia oskarżenia przeciwko Sokratesowi były względy polityczne. Uważano go za wroga demokracji ateńskiej. Przekonanie to panowało między innymi z powodu uczniów, którymi się otaczał – znanych z niechęci do ustroju demokratycznego: Alkibiadesa, Platona, Kritiasza. Sam Sokrates też nie krył swoich sympatii do arystokratycznie rządzonych: Sparty, Teb, Megary, Krety.