Ponieważ jednak innych przeciwników ustroju ateńskiego objęto amnestią, postanowiono pozbyć się filozofa, wnosząc przeciwko niemu inne zarzuty.
Oskarżenie Autorami formalnego oskarżenia, które w końcu wpłynęło do władz miasta, były trzy osoby: przede wszystkim Anytos, wzbogacony garbarz ateński, który dobrał sobie do pomocy Meletosa (jedynego, który zabiera głos w dialogu Platona) i Lykona.
Anytos miał zadawniony uraz do Sokratesa o jego ucznia Alkibiadesa, o którego względy kiedyś zabiegał, został jednak przez niego odrzucony. Kolejna przyczyna wrogości Anytosa była związana z Trazybulem, jego synem, który zaniedbywał pracę w warsztacie ojca na rzecz przebywania z Sokratesem.
Wszystko to sprawiło, że Anytos opłacił poetę Meletosa, aby ten sformułował i wniósł skargę przeciwko Sokratesowi. Sam też podpisał ją z retorem Lykonem.
Treść skargi brzmiała następująco:
O to zaskarżył pod przysięgą Meletos, syn Meletosa z Pittos, Sokratesa, syna Sofroniska z Alopeków: Zbrodnię popełnia Sokrates, bogów, których państwo uznaje, nie uznając, inne zaś nowe duchy wprowadzając;