Melchior de Hondecoeter znany jest głównie z przedstawień ptaków, szczególnie drobiu i ptaków egzotycznych, były to wielkie malowidła dekoracyjne jak i mniejsze formy. Jego prace odznaczają się bogatą, żywą kolorystyką i realistycznym bogactwem szczegółów. Pierwsze obrazy miały proste kompozycje, później za tło służyły podwórza, dziedzińce i barokowe ogrody wzbogacone o elementy architektoniczne. Wiele obrazów przedstawia dynamiczne sceny, takie jak walki kogutów czy ataki ptaków drapieżnych, częstym tematem są także sceny z polowań.
Ze względu na artystyczne mistrzostwo Hondecoetera nazywano Rafaelem ptaków.
Prace malarza posiadają Rijksmuseum w Amsterdamie, Ermitaż w Sankt Petersburgu, Wallace Collection i Belton House w Anglii oraz inne muzea i kolekcje w europejskie i amerykańskie.
W Muzeum Narodowym w Warszawie znajduje się obraz Ptactwo domowe z bażantem i pawiami. W zbiorach Muzeum Miejskiego w Gdańsku do 1945 znajdowała się martwa natura Hondecoetera, została jednak zagrabiona przez Armię Czerwoną i wywieziona do Związku Radzieckiego, obraz odnalazł się we Francji po czym