W skończyła się kadencja założyciela bractwa, arcybiskupa Lefebvre’a. Na jego miejsce, jako nowego Generalnego Przełożonego Bractwa, kapituła zakonu wybrała Franza Schmidbergera. Wybrano również nowe władze bractwa.
W zmarł arcybiskup Marcel Lefebvre, założyciel bractwa.
W , po ukończeniu kadencji Schmidbergera, kapituła zakonna na nowego przełożonego wybrała biskupa Bernarda Fellaya, zwolennika pojednania się z Rzymem.
Przez następne lata dialog między bractwem a Stolicą Apostolską w zasadzie nie istniał. Pierwsze lody przełamano w roku 2000, kiedy w czasie obchodów Wielkiego Jubileuszu Bractwo zdecydowało się na uczestnictwo w pielgrzymce do Rzymu. Wówczas to przewodniczący komisji Ecclesia Dei Darío Castrillón Hoyos spotkał się z biskupem Fellayem i oznajmił mu, że papież jest gotowy nadać bractwu takie same przywileje, status i uprawnienia, jakie zostały nadane administraturze personalnej Świętego Jana Marii Vianneya. Biskup Fellay potraktował te propozycje bardzo ostrożnie, będąc świadomym tego, że byli księża bractwa, teraz zrzeszeni w Bractwie Kapłańskim Świętego Piotra (odprawiający liturgię tradycyjną), są szykanowani przez Watykan i w gruncie rzeczy ogranicza im się możliwość sprawowania liturgii.