W 1996 stanął na czele Rady Najwyższej Spraw Islamskich Gabonu (CSAIG).

W wyborach parlamentarnych w 1990, 1996 i w 2001 uzyskał mandat w Zgromadzeniu Narodowym z ramienia Gabońskiej Partii Demokratycznej (PDG, Parti Démocratique Gabonais). W wyborach parlamentarnych w grudniu 2006 dostał się do parlamentu jako kandydat PDG z prowincji Górne Ogowe. W czasie kampanii prezydenckiej swego ojca w 2005 pracował jako koordynator ds. młodzieży.

25 czerwca 1999 Ali Bongo objął stanowisko ministra obrony w administracji swego ojca. W 2000 został wybrany wiceprzewodniczącym PDG, we wrześniu 2008 uzyskał reelekcję na tym stanowisku.

Śmierć Omara Bongo i wybory prezydenckie

8 czerwca 2009 w hiszpańskiej klinice zmarł prezydent Omar Bongo rządzący krajem przez 42 lata. Spowodowało to konieczność przeprowadzenia nowych wyborów prezydenckich i rozpoczęcia pierwszego od dziesięcioleci procesu transferu władzy.