W dzień po śmierci ojca Ali Bongo zaapelował do rodaków o zachowanie spokoju i poinformował o rozlokowaniu sił bezpieczeństwa w miejscach na terenie całego kraju. W kraju zamknięto wszystkie granice zewnętrzne: lądowe, morskie oraz powietrzne. Odcięty został dostęp do internetu, a państwowa telewizja rozpoczęła emisję nabożeństw religijnych. Tymczasowym szefem państwa została przewodnicząca Senatu Rose Francine Rogombé, która zarządziła przeprowadzenie wyborów prezydenckich w dniu 30 sierpnia 2009.
16 lipca 2009 Gabońska Partia Demokratyczna ogłosiła Alego Bongo swoim kandydatem w wyborach prezydenckich. 19 lipca, na nadzwyczajnym kongresie partii, otrzymał on oficjalną nominację PDG. Przy tej okazji podziękował delegatom za wybór oraz zobowiązał się do walki z korupcją i "redystrybucji dochodów z wzrostu gospodarczego" po wyborze na urząd prezydenta. mały|Ali Bongo podczas spotkania z Henrym Bellinghamem w Londynie (2012) Po rezygnacji z funkcji premiera przez Jeana Eyeghe Ndonga, Ali Bongo zachował stanowisko ministra obrony w nowym gabinecie Paula Biyoghé Mby, zatwierdzonym 22 lipca 2009. Wywołało to protesty opozycji, która argumentowała, że jako kandydat w wyborach, Bongo powinien zrezygnować ze stanowiska w rządzie. 14 sierpnia 2009, w przededniu rozpoczęcia kampanii wyborczej, p.o.