30 sierpnia 2009, tuż po zakończeniu głosowania i jeszcze przed ogłoszeniem wyników wyborów, podobnie jak dwaj pozostali kandydaci opozycji, ogłosili swoje zwycięstwo w wyborach. Stwierdził, że "osiągnął bardzo dobry wynik", a sekretarz generalny PDG ogłosił, że "wyniki dają Bongo zwycięstwo". 3 września 2009 komisja wyborcza oficjalnie ogłosiła Alego Bongo zwycięzcą wyborów prezydenckich. Według oficjalnych wyników zdobył 41,73% głosów poparcia. Obserwatorzy z Unii Afrykańskiej stwierdzili, że choć wybory spełniły wymagania prawne, w części lokali doszło do złamania procedur wyborczych. 3 września 2009 w Port Gentil wybuchły trzydniowe zamieszki i protesty społeczne przeciw domniemanym fałszerstwom. Do Sądu Konstytucyjnego wpłynęło 11 skarg wyborczych. W związku z tym nakazał on przeprowadzenie powtórnego liczenia głosów. 13 października 2009 Sąd Konstytucyjny ostatecznie potwierdził zwycięstwo Bongo w wyborach prezydenckich z wynikiem 41,79% głosów.