Prezydentura 16 października 2009 Ali Bongo został uroczyście zaprzysiężony na stanowisko prezydenta republiki w pałacu prezydenckim w Libreville. Po ceremonii ulicami stolicy przeszła parada wojskowa. W uroczystościach wzięli udział prezydenci Beninu (Yayi Boni), Demokratycznej Republiki Konga (Joseph Kabila), Gwinei Równikowej (Teodoro Obiang Nguema Mbasogo), Konga (Denis Sassou-Nguesso), Mali (Amadou Toumani Touré), Togo (Faure Gnassingbé) oraz Wysp Świętego Tomasza i Książęcej (Fradique de Menezes). Tego samego dnia ponownie mianował premiera Paula Biyoghé Mbę na stanowisko szefa rządu. 17 października 2009 premier przedstawił skład nowego gabinetu. mały|Ali Bongo podczas wizyty w Waszyngtonie (2014) 9 czerwca 2011 roku Ali Bongo i Barack Obama spotkali się w Białym Domu.
W wyborach prezydenckich w 2016 roku Bongo wybrany na kolejną siedmioletnią kadencję. Wyniki wyborów zostały przez opozycję uznane za sfałszowane. W powyborczych protestach zginęły 3 osoby, a ponad tysiąc został aresztowanychhttps://www.reuters.com/article/us-gabon-election-idUSKCN1160DT/.