W październiku 2018 roku Bongo trafił do szpitala w Rijadzie z powodu udaru mózgu, a następnie został przetransportowany do kliniki w Rabacie. 1 stycznia 2019 Bongo pojawił się pierwszy raz publicznie od czasu hospitalizacji, ucinając pojawiające się pogłoski o śmierci czy ubezwłasnowolnieniu.
W sierpniu 2023 roku odbyły się wybory prezydenckie, w których zwycięstwo ponownie odniósł Ali Bongo Ondimba. Opozycja skrytykowała przebieg wyborów i zarzuciła sfałszowanie wyników elekcji. 30 sierpnia 2023 roku oficerowie gabońskiego wojska ogłosili, że unieważniają wyniki wyborów i przejmują władzę w kraju. W wyniku wojskowego zamachu stanu powołano Komitet ds. Przekształcenia i Odnowy Instytucji, na którego czele stanął kuzyn prezydenta Bongo i generał Oligui Nguema.
Ali Bongo został pozbawiony władzy i umieszczony w areszcie domowym. Po tygodniu został wypuszczony z aresztu, udał się do swojej rezydencji w Libreville.
Życie prywatne Bongo jest żonaty z Sylvią Valentin, ma czworo dzieci;