Początki istnienia jednostki były niezwykle trudne. Przez pierwsze miesiące dr S. Sobaniec swoje obowiązki pełnił w prywatnym mieszkaniu, zasób instytucji stanowiło 55 metrów bieżących akt. 31 grudnia 1953 r., tj. po całym roku funkcjonowania „w próżni”, Archiwum otrzymało na swą siedzibę lokal w Wojewódzkim Zarządzie Związku Młodzieży Polskiej przy ul. J. Kilińskiego 16. Składał się on z jednego pomieszczenia biurowego i trzech (w niedługim czasie czterech) piwnic przeznaczonych na magazyny. Pozyskana baza lokalowa pozwalała na pomieszczenie łącznie 845 m.b. akt, choć panujące w niej warunki przechowywanie archiwaliów właściwie uniemożliwiały. Z początkiem 1954 r. WAP w Białymstoku przejęło od WAP w Warszawie nadzór nad Powiatowym Archiwum Państwowym w Łomży, który to – pod zmienionymi nazwami poszczególnych jednostek – trwa nieprzerwanie do dziś. W tym czasie Białemustokowi podlegały również PAP w Suwałkach i PAP w Ełku. Od 1955 r., przez wzgląd na niekorzystne warunki lokalowe, Archiwum w osobie dyrektora – wówczas Adama Filonika, czyniło starania o pozyskanie na swe potrzeby dawnej zbrojowni Branickich, tj. odbudowywanego budynku przy Rynku Kościuszki 4. Starania te zwieńczono, złożonym 13 grudnia tegoż roku do Prezydium WRN i KW PZPR w Białymstoku, formalnym wnioskiem o przydzielenie obiektu.