Na początku sezonu 2006/2007 piłkarz podpisał kontrakt z drużyną CA Osasuna. Mimo że Juanfran posiadał klauzulę odejścia, która wynosiła 10 milionów euro, działacze zarówno Realu, jak i Osasuny doszli do porumienienia w kwestii transferu zawodnika przez co ostatecznie Osasuna miała zapłacić Realowi pieniądze dopiero pod koniec 2007 roku. W 2011 roku przeszedł do Atlético Madryt. W 2012 roku zdobył z nim Ligę Europejską.
1 marca 2021 roku zakończył piłkarską karierę.
Statystyki klubowe Sezon Klub Kraj Liga Mecze Bramki Puchar Kraju Mecze Bramki Rozgrywki Europy Mecze Bramki 2002/03 Real Madryt Castilla Hiszpania Segunda División B 1 1 – – – – – – 2003/04 23 0 – – – – – – Real Madryt Primera División 34 2 – – – – – – 2004/05 Real Madryt Castilla Segunda División B 32 6 – – – – – – Real Madryt Primera División 1 0 – – – – – – 2005/06 RCD Espanyol 30 1 – – – Puchar UEFA 3 0 2006/07 CA Osasuna 28 2 Puchar Króla 2 0 Puchar UEFA 9 1 2007/08 34 3 – – – – – – 2008/09 35 2 Puchar Króla 1 0 – – – 2009/10 33 4 2 0 – – – 2010/11 18 1 1 1 – – – Atlético Madryt 15 1 2 1 – – – 2011/12 26 0 2 0 Liga Europy UEFA 16 1 2012/13 35 0 6 0 Liga Europy UEFA 3 0 2013/14 35 0 6 0 Liga Mistrzów UEFA 12 0 2014/15 35 0 4 0 Liga Mistrzów UEFA 10 0 2015/16 35 1 1 0 Liga Mistrzów UEFA 11 0 2016/17 23 0 7 2 Liga Mistrzów UEFA 5 0 2017/18 17 0 3 0 Liga