Mistrzów UEFALiga Europy UEFA 37 00 2018/19 22 0 2 0 Liga Mistrzów UEFA 6 0 Stan na: 18 maja 2019 r.
Kariera reprezentacyjna Juanfran był podstawowym piłkarzem hiszpańskiej drużyny młodzieżowej U-19, która zdobyła mistrzostwo Europy w 2004 roku, a sam zawodnik został wybrany piłkarzem turnieju.
Oprócz tego piłkarz wystąpił w mistrzostwach Europy U-20 w 2005 roku.
26 maja 2012 zadebiutował w dorosłej reprezentacji w wygranym 2:0 towarzyskim meczu z Serbią. Następnie został powołany do kadry na Euro 2012.
Znalazł się na liście powołanych na Mistrzostwa Świata w 2014. Swój pierwszy i jedyny w karierze mecz na turnieju rozegrał w fazie grupowej przeciwko Australii. Rozegrał pełne 90 minut i mecz zakończył się wynikiem 3:0 na korzyść Hiszpanii.
Został powołany na Mistrzostwa Europy w 2016 roku. Swój pierwszy mecz na tym turnieju rozegrał w fazie grupowej przeciwko Czechom i rozegrał pełne 90 minut. Mecz zakończył się wynikiem 1:0 na korzyść Hiszpanii. Drugi mecz odbył się przeciwko Turcji. Torres rozegrał pełne 90 minut, a mecz zakończył się wynikiem 3:0 na ponownie na korzyść Hiszpanii. Trzeci, a tym razem ostatni mecz grupowy odbył się przeciwko Chorwacji. Juanfran rozegrał pełny mecz, który zakończył się wynikiem 2:1 na korzyść Chorwacji.