Od 1957 pracował w charakterze asystenta w muzeum w Nowym Sączu. Od 1960 był zatrudniony w Muzeum Narodowym w Krakowie, gdzie przechodził przez kolejne szczeble kariery zawodowej – w 1963 został starszym asystentem, w 1975 adiunktem, w 1986 kustoszem. Pełnił funkcję kierownika Referatu Muzeów Podopiecznych, co w ówczesnej strukturze polskiego muzealnictwa oznaczało nadzór nad muzeami regionalnymi województwa: w Bochni, Chrzanowie, Nowym Sączu, Rabce, Tarnowie i Żywcu. Uczestniczył w tworzeniu placówek muzealnych w Szczawnicy i Krościenku. Nadzór wykonywany przez Zaborowskiego sprowadzał się przede wszystkim do kwestii wystawienniczych, konserwatorskich oraz dokumentacyjnych. Zaborowski organizował liczne wystawy sztuki ludowej, a także konkursy, opracowywał foldery i informatory. W "Sprawozdaniach Muzeum Narodowego" ogłosił kilka artykułów dotyczących podległych mu muzeów: Muzea podopieczne – rys historyczny (1976, nr 11), Muzea podopieczne 1950-1975 (1980, nr 12, z M. Buyko-Dubrawską).