Rozpad federacji nastąpił w 1987, przez co Kościół Zielonoświątkowy stał się odrębną wspólnotą.
13 września na posiedzeniu Rady Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego Michał Hydzik przedłożył wniosek o reorganizację Kościoła w kierunku usamodzielnienia ugrupowań.
Od 1956 do 1975 roku czołową rolę odgrywali Sergiusz Waszkiewicz, Teodor Maksymowicz i Aleksander Rapanowicz. Od 1975 roku rolę tę odgrywali Mieczysław Suski, Edward Czajko i Tadeusz Gaweł.
Sytuacja po 1988 (Kościół Zielonoświątkowy w RP) Uchwałą XII Synodu ZKE podjętą 22 maja 1987 roku postanowiono rozwiązać powołany po II wojnie światowej Zjednoczony Kościół Ewangeliczny rozumiany jako federacja wchodzących w jego skład wspólnot ewangelikalnych. Decyzję tę zatwierdził 1 lutego 1988 roku Urząd do Spraw Wyznań. Jednocześnie powołano samodzielny Kościół Zielonoświątkowy, w skład którego weszły zbory zielonoświątkowe na Śląsku Cieszyńskim, dawne społeczności stanowczych chrześcijan oraz zbory przedwojennego Kościoła Chrześcijan Wiary Ewangelicznej (oprócz tzw. grupy lubelskiej, która zachowała poprzednią nazwę i stała się odrębną wspólnotą). Kościół Zielonoświątkowy po usamodzielnieniu się liczył 82 zbory.