Kościół był członkiem założycielem Aliansu Ewangelicznego w RP, w 2010 roku wystąpił z jego szeregów, by ponownie uzyskać członkostwo 15 stycznia 2015 roku.
Przez pierwsze dziesięć lat istnienia po usamodzielnieniu się z ZKE, liczba wiernych Kościoła podwoiła się, co obrazuje poniższa tabela:
RokLiczba zborówKaplice, domy modlitwyDuchowniWierni1988 88 101 133 brak danych 1989 102 101 174 10973 1990 117 100 193 12467 1991 128 90 224 12886 1992 140 99 214 14577 1993 152 87 230 16084 1994 161 85 288 17379 1995 166 89 301 17816 1996 168 90 311 17966 1997 172 91 320 18696 1998 175 97 320 19107
Wzrost ten w pewnym stopniu został wypracowany przez misję namiotową. W latach 2000–2004 powstało 21 nowych zborów, a ochrzczono 2751 osób. Misja namiotowa nie cieszyła się już dużym zainteresowaniem, pojawiły się natomiast dwie nowe inicjatywy „Generacja T” i „Misja Polska”. W 2003 roku zrezygnowano z misji namiotowej (działała od 1989), zmieniła się również strategia zakładania zborów. Odtąd przygotowywano „misjonarzy” i wysyłano ich do danej miejscowości celem zbudowania nowego zboru. W ten sposób powstało kilka zborów, ale już nie w takiej liczbie jak w latach dziewięćdziesiątych.