Rok później Australijczyk zdominował pierwszą fazę mistrzostw, wygrywając pięć z siedmiu pierwszych wyścigów (sześciokrotnie sięgnął po pole position). Marzenia o tytule zaprzepaścił bardzo poważny wypadek podczas GP Holandii, kiedy to mocno ucierpiała prawa noga Michaela. Obrażenia były na tyle poważne, iż groziły one nawet amputacją dolnej kończyny. Udało mu się jednak powrócić do zdrowia i po ośmiu tygodniach przerwy powrócił do rywalizacji, opuszczając zaledwie trzy rundy. Jego dyspozycja nie pozwoliła mu jednak walczyć o najwyższe lokaty i w ostatnim wyścigu o GP RPA Rainey wyprzedził go w klasyfikacji o zaledwie cztery punkty, zdobywając swój trzeci tytuł z rzędu.
W kolejnym sezonie nie do końca jeszcze sprawny Doohan nie liczył się w walce o mistrzostwo. W końcowej klasyfikacji pokonał go także młodszy partner z zespołu, Daryla Beattie. Australijczyk wprawdzie czterokrotnie ruszał z pierwszej pozycji, jednak tylko w jednym wyścigu (o GP San Marino) udało mu się dojechać na pierwszej lokacie. Podczas GP USA nabawił się niegroźnej kontuzji, przez co był zmuszony zrezygnować ze startu w ostatniej eliminacji, na torze Jarama. Ostatecznie rywalizację ukończył na 4. lokacie. Był to jednak ostatni sezon, w którym Doohan nie był najlepszy.