Roku 1999 nie rozpoczął tak błyskotliwie, zajmując czwarte i drugie miejsce podczas GP Malezji i GP Japonii. Nic jednak nie wskazywało na to, iż to ostatnie rundy w karierze Australijczyka. Podczas treningu kwalifikacyjnego do GP Hiszpanii, na torze Jerez, Mick doznał skomplikowanych i kilkumiejscowych złamań we wcześniej uszkodzonej nodze. Kontuzja ta zaprzepaściła cały sezon dla Australijczyka, który ostatecznie postanowił zakończyć karierę. Jego główny inżynier rozpoczął z kolei współpracę z późniejszą gwiazdą serii Valentino Rossim. Uzyskane punkty sklasyfikowały go na 17. miejscu.
Po zakończeniu kariery sportowca, Michael został doradcą wyścigowym japońskiej stajni. Funkcję tę pełnił do końca sezonu 2004.
Życie prywatne 21 marca 2006 poślubił swoją długoletnią partnerkę Selinę Sines, na Wyspie Hamiltona. Mają dwoje dzieci: Alexis i Jacka, który obecnie jest kierowcą zespołu Virtuosi Racing w Formule 2.
Formuła 1 Po zakończeniu sezonu 1998 Doohan odbył testy samochodu Formuły 1, z zespołem Williamsa.