Do niewątpliwych sukcesów Strossmayera można zaliczyć otwarcie w 1866 r. Jugosłowiańskiej Akademii Nauk i Sztuk Pięknych w Zagrzebiu (Strossmayer starał się o to od 1860 r., przeznaczył także na to własne fundusze). Akademia była częścią planu Strossmayera jednoczenia Słowian południowych – miała się stać wspólną instytucją kulturalną ich wszystkich. Pierwszym prezesem wybrano historyka i bliskiego współpracownika Strossmayera, Franjo Račkiego, natomiast sam biskup został oficjalnym protektorem Akademii. Z kolei w 1874 r. dzięki staraniom Strossmayera otwarto uniwersytet w Zagrzebiu. Oprócz tego Strossmayer wspierał (także finansowo) liczne wydawnictwa kulturalne i naukowe.
Działalność na polu religijnym W 1849 r. został biskupem Đakova. Chciał doprowadzić do ponownej unii Kościoła katolickiego i Cerkwi prawosławnej, starał się m.in. o wprowadzenie liturgii starosłowiańskiej do kościołów katolickich w Chorwacji (co miało służyć ujednoliceniu religijnemu Słowian południowych i ich zbliżeniu).